「ラプラス・プログラム」に導かれ、ついに運命の地〈メガラニカ〉へと辿り着いたバナージたち。コクピットに同乗するミネバとともに〈ユニコーン〉をビスト家の屋敷に着陸させたそのとき、異変が起こる。屋敷の地下に存在する「氷室」への通路が開かれたのである。

屋敷の地下、隠された「氷室」でサイアム・ビストと対面するバナージとミネバ。サイアムは、封印された『ラプラスの箱』――宇宙世紀憲章が刻まれたオリジナルの石碑――を二人に示し、その真実を語る。

かつて、人の善意から生まれた宇宙移民の未来への祈りは、ジオニズムの出現とともに連邦政府を縛る呪いへと姿を変えた。そして、呪いとなった『箱』は「今ある世界を守るため」、連邦政府とビスト財団によって隠蔽されてきたのだ。しかし、「あるべきだった未来」の可能性を取り戻すべく、サイアムは行動を起こしたのだった。

過去から託された可能性の光を未来へと残すため、『箱』の真実を全世界に伝えることを決意するバナージとミネバ。それに応えるべく、サイアムは《メガラニカ》の真の姿を露わにする。惑星間航行能力を持った、巨大戦艦《メガラニカ》。そこには、全世界に『箱』の真実を伝えるためのシステムが用意されていた。

《レウルーラ》の支援を得て《メガラニカ》内に侵入したフロンタル、そして遠く〈ルナツー〉からコロニーレーザーが『箱』を狙う中、今まさに『ラプラスの箱』の真実が解放されようとしていた。