U.C.(Universal Century:宇宙世紀)0001―。
宇宙移民の開始が宣言され、新たな時代が始まろうとしていた。
そんな折、改暦セレモニーが行われていた地球連邦政府首相官邸、宇宙ステーション＜ラプラス＞が爆破テロにより粉々に砕け散る。
貧困からテロに加わった青年・サイアムは、＜ラプラス＞の爆発に巻き込まれ、残骸の中である物を発見する。
それは後に『ラプラスの箱』と呼ばれることになる禁忌の箱だった。

『ラプラスの箱』を開けてはならない。
それが何であるのか、知る者はほとんどいない。
箱の秘密は、サイアムの元で眠り続けた―。

U.C.0096―
ラグランジュポイント１に浮かぶ、建設中の工業コロニー・インダストリアル７。
父を知らずに育った少年バナージ･リンクスと、コロニー行きの船に密航した謎の少女が出会い、
そして、運用試験を繰り返す白いMS・ユニコーンと様々な思惑が絡み出したとき、歴史の針が動き出した。
『ラプラスの箱』をめぐる争いに巻き込まれることを、バナージはまだ知らない。

『ラプラスの箱』とは何か―。
箱の抱く秘密とは何か―。
今、宇宙世紀百年の呪いが解かれようとしていた。