〈パラオ〉での戦いの後、引き続き《ネェル・アーガマ》を追い続ける《ガランシェール》にかつてのカーディアスの部下ガエルが接触する。ガエルは財団の意志とは無関係に、カーディアスの仇を討つべくネオ・ジオンと接触したのであった。その目に焼きついた復讐の念に、ジンネマンは自らと同類の人間であることを感じる。 　《ネェル・アーガマ》では、《クシャトリヤ》とマリーダの検分が進められていた。本来の性能を超えて《クシャトリヤ》を破壊した《ユニコーン》。意識を回復したマリーダはバナージに、NT-Dシステムに呑みこまれず、抵抗しろと告げる。

一方、《デルタプラス》で地球に降下したリディとミネバは、南米アトランタに降り立っていた。活路を求めての父・ローナンとの再会。しかし、この行為こそが『箱』の禍の中心に飛び込むことであるのに、リディは気づくはずもなかった。

そして、〈La+〉プログラムが指し示す座標――全ての始まりの地、かつての宇宙官邸〈ラプラス〉にて、『箱』を巡るそれぞれの思惑が再び交差しつつあった――。