高高度を飛ぶ巨大輸送機《ガルダ》。ミネバを乗せたその機体に近づく《ユニコーン》の前に、マリーダの操る《バンシィ》が立ち塞がる。《ユニコーン》同士による戦闘の中、マリーダは破壊衝動を肥大化させ、破壊の矛先は《ユニコーン》だけでなく《ガルダ》にも及んでいく。

その《ガルダ》では、マーサとアルベルトを相手に、リディが銃口を向けていた。ミネバを奪還しようとするリディであったが、『箱』の秘密を守り、現在の秩序を優先するリディをミネバは拒否、《ガルダ》から飛び降り、バナージを呼ぶ。ミネバの意志を感知したバナージは、《ユニコーンガンダム》でミネバを空中で受けとめるのだった。

ミネバを《ガランシェール》に収容したバナージは再び《バンシィ》と対峙する。NT-Dを発動した二機の《ガンダム》はサイコフレームを共振させ、《ガルダ》もろとも周囲を破壊の渦に巻き込んでいく。しかし、ジンネマンの呼び声をきっかけにNT-Dと同化したマリーダの意識が途切れ、《バンシィ》は動きを止めるのだった。

マリーダとジンネマンを回収した《ガランシェール》は、ブライトが手配した《ネェル・アーガマ》の手助けにより、宇宙への帰還に成功する。連邦とジオンという関係を超えて、《ユニコーン》はラプラス・プログラムの次なる目的地へと向かうのだった――。